Organismele de conducere ale Federației Filantropia sunt Adunarea Generală și Consiliul Director. Conducătorii fiecărei organizații membre formează Adunarea Generală a Federației, aprobă documentele, politicile și planurile financiare și strategice ale organizaţiei.
Dintre aceștia, 6 conducători de organizații, desemnați de către organizațiile din fiecare mitropolie de pe teritoriul Patriarhiei Române, formează Consiliul Director al Federației. Acesta este organul de conducere executivă al Federației, care coordonează activitățile acesteia între sesiunile Adunării Generale.
Preşedinte de onoare:
PREAFERICITUL PĂRINTE DANIEL, PATRIARHUL BISERICII ORTODOXE ROMÂNE
Preşedinte Federația Filantropia:
Pr. CIPRIAN ION IONIȚĂ, CONSILIER PATRIARHAL
MEMBRII CONSILIULUI DIRECTOR:
Pr. Ionuţ TUTEA, preşedintele Fundației ”BUCURIA AJUTORULUI”
Pr. Cristian PAVEL, preşedintele Fundației ”FILANTROPIA TIMIŞOARA”
Pr. Narcis Constantin AXINTE, preşedintele Fundației ”SOLIDARITATE ȘI SPERANȚĂ”
Pr. Florin MIHAIL, preşedintele Asociației ”VASILIADA”
Dl. Liciniu CÂMPEAN, directorul Asociației ”FILANTROPICE MEDICAL-CREŞTINE CHRISTIANA”, Filiala Cluj
Pr. Adrian ROMAN, președintele Asociației ”FILANTROPIA ORTODOXĂ SIBIU”